《黑客帝国4》的预设前提是很巧妙的：距离矩阵之战已过去20年，尼奥因为未知的原因“复活”，并重返矩阵的虚拟世界，并且似乎被清空了记忆，在旧金山看似正常的生活。然而，当与同样失忆的崔尼蒂和拿着红色药丸的Trinity和提供红色药丸的莫菲斯再次相遇时，尼奥再次觉醒，并继续为人类而战。虽然依旧是黑客帝国的概念，以及能够控制和操纵它的人过于强大，以至于系统必须想办法加以抑制的套路，但《黑客帝国4》把一个英雄的神话，变成了一种娱乐，它以一些意想不到的方式巧妙地实现了对之前「三部曲」的致敬，例如一只名为Deja vu的黑猫，以及「子弹时间」的新设定。
