朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。因为水库的建造，沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了，在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测，犯人就在那人群之中吗？柯南展开事件调查的同时，巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨，以8年前交通死亡事故为契机，一直到水坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天，8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来，对于交通事故发生当日的记忆，有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然，在那群儿时玩伴中又有一人遇害，尸体被寻获了，这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。
